Dado que los probióticos no suelen colonizar el intestino permanentemente, el beneficio depende de la continuidad de su uso según el objetivo clínico. Para el mantenimiento de la salud digestiva general, la duración típica es de 1 a 3 meses, tras lo cual se puede evaluar si continuar por ciclos. Si el objetivo es restaurar la microbiota después de antibióticos, se deben tomar durante el tratamiento y mantenerlos de 2 a 4 semanas adicionales. En casos de Síndrome de intestino irritable (SII), se recomienda un mínimo de 4 a 8 semanas para evaluar síntomas, aunque algunos requieren uso continuo. Para la diarrea aguda o infecciosa, el uso es breve, de 7 a 14 días o hasta que cesen los síntomas. Finalmente, en Enfermedades inflamatorias intestinales (EII), el uso suele ser prolongado o continuo bajo estricta supervisión médica.